通过大明行政体制的改革，新锦衣逐步履行国土部、农业部、工业部、商务部、税务部、人事部、财政部的第二步职责，逐渐掌控地方资源、人事、赋税。为大明的赋税改革、政治经济改革奠定更加坚实的基础。
北京中央机构精兵简政，裁撤宗人府、太医院、詹事府、国子监、翰林院、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、六科给事中、大理寺、通政使司、工部、刑部、兵部。
太医院分管的职责由北京医学院接管。詹事府分管的职责以及通政使司的部分职责由皇家办公厅接管。国子监、翰林院的职责由皇家北京大学和新锦衣卫教育部接管。太常寺、光禄寺、鸿胪寺的职责由礼部接管。
宗人府、六科给事中的职责以及通政使司的部分职责由都察院接管。大理寺、刑部的职责由新锦衣卫司法部接管，工部的职责由新锦衣卫建设部接管。太仆寺的职责以及兵部除车驾司之外的职责由皇家卫队接管。
礼部内部改编为礼仪司、贡举司、外交司、文史司。设置正二品尚书1名，从二品侍郎2名，各司正三品司长1名，从三品副司长2名。取消郎中、员外郎、主事等官衔称谓，各司下设正四品处室、正五品科室编制。
处室主管为正四品处长1名，从四品副处长2名。科室主管为正五品科长1名，从五品副科长2名。科室办事人员设置正六品科员、副六品科员两个等级。
吏部、户部参照此编制执行。
礼仪司负责日常官员行为规范、礼仪礼节、荣誉称号、祭祀活动、庆典活动、宴会等。贡举司负责教育、科举以及秀才、举人、进士的管理培养。外交司负责对番邦外国的接待交往。文史司负责制诰、史册、文翰、修撰国史。
都察院内部改编为都察司、信访司、宗人司，设置正二品院长1名，从二品副院长2名，各司正三品司长1名，从三品副司长2名。取消左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史、监察御史等官衔称谓。副司长以下编制参考礼部执行。都察院的官员对外统称督察官。
都察司在全国各州县成立办事处，负责侦察纠察监察地方官吏的违法犯罪行为。发现涉嫌犯罪的官吏，可直接传唤审问不超过72小时。一旦掌握证据，可立即移送新锦衣卫司法部进行复查并判决。
信访司在全国各州县成立办事处，接受四方陈情建言、申诉冤滞、举报等事。宗人司负责撰写皇室宗谱，监察宗室人员行为规范，对违法犯罪人员进行审查。
原兵部车驾司掌管卤簿、仪仗、禁卫、驿传、厩牧之事。主要负责管理皇帝仪仗、车驾、安全护卫以及管理驿站系统。
皇帝仪仗、车驾、安全护卫由皇家办公厅特勤处接管，饲养和放牧厩牧之事由皇家卫队接管。
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